Vào ngày 11 tháng 1 năm 1941, Joyce đã trải qua cuộc phẫu thuật ở Zürich vì một vết loét thủng tá tràng. Ông hôn mê vào ngày hôm sau. Joyce thức dậy lúc 2 giờ vào ngày 13 tháng 1 năm 1941, và yêu cầu một y tá gọi vợ và con trai ông, trước khi bất tỉnh một lần nữa. Họ đang trên đường tới khi ông ấy đã chết 15 phút sau đó. Joyce chỉ còn chưa đầy một tháng nữa là tới sinh nhật lần thứ 59.[59]

Thi hài của ông được chôn cất tại Nghĩa trang Fluntern, Zürich. Các tenor Thụy Sĩ Max Meili hát Addio terra, addio Cielo từ Monteverdi 's L'Orfeo tại dịch vụ mai táng.[60] Mặc dù hai nhà ngoại giao cấp cao của Ireland đang ở Thụy Sĩ vào thời điểm đó, nhưng cả hai đều không tham dự lễ tang của Joyce, và chính phủ Ireland sau đó đã từ chối đề nghị của Nora về việc cho phép hồi hương hài cốt của Joyce. Khi Joseph Walshe, thư ký của Sở Ngoại vụ ở Dublin, được Frank Cremins thông báo về cái chết của Joyce, chargé d'affaires tại Bern, Walshe đã trả lời "Vui lòng chuyển chi tiết về cái chết của Joyce. Nếu có thể tìm hiểu xem người đã chết với tư cách người Công giáo không? Bày tỏ sự thông cảm với bà Joyce và giải thích rằng không thể đến dự tang lễ ".[61] Được chôn cất ban đầu trong một ngôi mộ bình thường, Joyce được chuyển vào năm 1966 đến một "ngôi mộ danh dự" nổi bật hơn, với bức tượng chân dung của nghệ sĩ người Mỹ Milton Hebald ngồi gần đó. Nora, người mà ông kết hôn năm 1931, đã sống tiếp 10 năm. Bà được chôn cất bên cạnh ông, cũng như con trai của họ, Giorgio, người đã chết năm 1976.[61]